La Facultad de Pedagogía e Innovación Educativa (FPIE) ha venido formando generaciones de profesionales de la docencia desde el 20 de septiembre de 1960, en ese mismo año, como Escuela de Pedagogía, fue creada con el objetivo fundamental de formar profesores especializados en Ciencias Químico-Biológicas, Ciencias Sociales, Psicología Educativa, Físico-Matemáticas, Literatura y Lingüística e Inglés, para atender la demanda de profesores en el nivel básico (secundaria) y medio superior.

En 1961 se inscriben 38 alumnos, posteriormente el número va en aumento hasta llegar a contar con 869 alumnos en 1978, después su matrícula disminuye en número y de 1991 a 1993 no hay inscripciones, en 1994 se inscribe el último grupo en Psicología Educativa. De 1964 a noviembre de 2005 egresaron 4,711 profesionistas de las distintas carreras. Los programas de estudio antes descritos otorgaban el título de profesor especializado, mismos que reunían los rangos en créditos necesarios para otorgar el grado de licenciatura. En el mes de noviembre de 1980 fueron registrados ante la Dirección General de Profesiones de la Secretaría de Educación Pública (SEP), mediante oficio número 2-3232, quedando registrado el acuerdo de resolución favorable bajo el número 200 del libro 71-III en la mencionada dirección.

En el año 2003 las funciones de la entonces Escuela de Pedagogía se reestructuraron bajo nuevos objetivos en el marco de la Reforma Universitaria emprendida por la Institución, pasando además a ser su responsabilidad la formación en el área pedagógica-didáctica del personal docente de la UABC, a través del "Programa Flexible de Formación y Desarrollo Docente". Así como la coordinación del Sistema de Evaluación de la Actividad Docente en la institución.

El 30 de enero de 2004 fueron aprobadas las reestructuraciones de los planes y programas de estudio de las Licenciaturas en Docencia de la Lengua y Literatura; Docencia de la Matemática; y Asesoría Psicopedagógica, por el Consejo Universitario de la Universidad Autónoma de Baja California (UABC), dichos planes de estudio iniciaron sus actividades escolares en agosto de 2004, después de no haber recibido ingreso en sus carreras desde 1994.

Por acuerdo del Rector fue creado el 5 de mayo del 2006, el Centro de Innovación y Desarrollo Docente (CIDD) de esta Facultad, con el objetivo de concertar y coordinar las actividades de formación y desarrollo profesional docente, asesoría pedagógica, producción de conocimiento, certificación de competencias docentes y divulgación e intercambio de la práctica docente.

El 6 de octubre del 2005 fue autorizada por el pleno del Consejo Universitario la apertura del programa de Maestría en Docencia como una opción educativa relevante, era coordinada en conjunto con la Facultad de Idiomas, para mejorar la profesionalización de la docencia en todos los niveles y modalidades educativas. Lo anterior, provocó que las unidades académicas de Idiomas y Pedagogía cambiaran a partir de esa fecha su estatus de Escuela a Facultad.

El 5 de octubre de 2006 fue autorizado en el pleno del Consejo Universitario el cambio de denominación de la Escuela de Pedagogía a Facultad de Pedagogía e Innovación Educativa, nombre que ostenta hasta este momento.

Debido a la demanda de los tres Programas Educativos en la ciudad de Tijuana, siendo rector de la UABC el Dr. Gabriel Estrella Valenzuela y director de la FPIE el Maestro Rubén Roa Quiñónez, se promueve la oferta de los mismos como extensión de la FPIE en Tijuana, para lo cual se comisiona al Maestro Bardomiano González Pérez para implementarlos, dando inicio en el ciclo 2008-2. En 2010-1 se aprueba en Consejo Universitario que los tres programas educativos sean ofertados oficialmente por la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales de Tijuana, con ello las licenciaturas que en sus inicios fueron tuteladas por la FPIE como extensión, pasan a ser parte de la oferta de dicha Unidad Académica.

El 19 de septiembre de 2011 se emite el acuerdo que reforma al diverso de creación del Centro de Educación Abierta (CEA) de la Universidad Autónoma de Baja California, para depender de la FPIE y el 22 de septiembre de 2015 este Centro se convierte en el Centro de Educación Abierta y a Distancia de la UABC (CEAD), dependiente directamente de la Rectoría.

En 2011 los tres programas educativos de licenciatura de la FPIE fueron sometidos a procesos de evaluación con vías a su acreditación, siendo reconocidos por su calidad al recibir un dictamen favorable y por ende la acreditación por parte del Comité para la Evaluación de Programas de Pedagogía y Educación (CEPPE). Siendo la Licenciatura en Asesoría Psicopedagógica la primera en recibir su acreditación en el mes de octubre de 2010, la Licenciatura de Docencia de la Lengua y Literatura lo recibió en junio de 2011 y la Licenciatura de Docencia de la Matemática lo recibe en el mes de noviembre de 2011.

En el ciclo 2012-1 se dio inicio a los trabajos para la Evaluación y Modificación de Planes y Programas de Estudio de las Licenciaturas de Asesoría Psicopedagógica, Docencia de la Lengua y Literatura y Docencia de la Matemática, mismos que se concretan en los planes de estudio modificados y homologados para la Facultad de Pedagogía e Innovación Educativa y la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales. A principios del 2014 son aprobados por los Consejos Técnicos de las dos Facultades y en febrero del mismo año son turnados al pleno del Consejo Universitario para su autorización, siendo en la sesión de mayo de 2014 la autorización para iniciar su operación en el ciclo 2014-2.

En el ciclo 2014-2, se inició con la oferta del Tronco Común en Línea de los Programas de Pedagogía, permitiendo la ampliación de la matrícula y la incorporación de una nueva modalidad educativa para la UABC.

El proyecto Catálogo de Unidades de Aprendizaje en Línea inicia sus operaciones en el ciclo 2014-2 con 3 unidades de aprendizaje y 300 estudiantes de licenciatura, de 38 unidades académicas de la UABC de sus tres campus. Dicho proyecto fue iniciado y liderado por la FPIE con el apoyo del Centro de Educación Abierta (CEA). Para 2016-1 dicho proyecto es transferido al Centro de Educación Abierta y a Distancia (CEAD) en base al acuerdo de creación de este centro, el cual anteriormente era el CEA que formaba parte de la estructura la FPIE.

La FPIE en su interés por el desarrollo académico y la formación integral de los estudiantes actualmente ofrece los programas de: Licenciaturas en Docencia de la Lengua y Literatura; Docencia de la Matemática; Asesoría Psicopedagógica y Tronco Común de Pedagogía en Línea (Todos acreditados), además de una amplia oferta de programas de educación continua para el sector educativo.

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