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La Facultad de Pedagogía e Innovación Educativa ha venido formando generaciones de profesionales de la docencia desde el 20 de septiembre de 1960, en ese mismo año, como Escuela de Pedagogía fue creada con el objetivo fundamental de formar profesores especializados en Ciencias Químico-Biológicas, Ciencias Sociales, Psicología Educativa, Físico-Matemáticas, Literatura y Lingüística e Inglés, para atender el nivel básico (secundaria) y medio superior, lo cual cumplió a cabalidad. En 1961 inscriben a 38 alumnos, posteriormente el número va en aumento hasta llegar a contar con 869 alumnos (1978) después disminuye el número y de 1991 a 1993 no hay inscripciones, en 1994 se inscribe el último grupo en Psicología Educativa. De 1964 a noviembre de 2005 egresaron 4,711 profesionistas de las distintas carreras, de los cuales a la fecha se han titulado el 65%.

Los programas de estudio antes descritos otorgaban el título de profesor especializado, mismos que reunían los rangos en créditos necesarios para otorgar el grado de licenciatura, en el mes de noviembre de 1980 fueron registrados ante la Dirección General de Profesiones de la Secretaría de Educación Pública (SEP), mediante oficio número 2-3232, quedando registrado el acuerdo de resolución favorable bajo el número 200 del libro 71-III en la mencionada dirección.

En el año 2003 las funciones de esta unidad académica se reestructuraron bajo nuevos objetivos en el marco de la Reforma Universitaria emprendida por la Institución, pasando además a ser su responsabilidad la formación en el área pedagógica del personal docente de la UABC a través del "Programa Flexible de Formación y Desarrollo Docente" y la coordinación del Sistema de Evaluación de la Actividad Docente en la institución.

Ante estos nuevos compromisos, convencidos de solventar la formación y actualización docente, una clara y evidente necesidad de profesionales de la docencia especializados para los niveles básico (secundaria) y medio superior, a partir del 2004-2 se ofrecen las licenciaturas en: Docencia de la Matemática, Docencia de la Lengua y Literatura y un tercer programa de Licenciatura en Asesoría Psicopedagógica, que hoy cobran gran atención como necesidades apremiantes de la sociedad demandante de espacios educativos.

El 6 de octubre del 2005 fue autorizada por el pleno del Consejo Universitario la apertura del programa de Maestría en Docencia como una opción educativa relevante, que se lleva a cabo de manera conjunta con la Facultad de Idiomas, para mejorar la profesionalización de la docencia en todos los niveles y modalidades educativas. Lo anterior, provocó que las unidades académicas de Idiomas y Pedagogía cambiaran su estatus de Escuela a Facultad.

Por acuerdo del Rector fue creado el 5 de mayo del 2006, el Centro de Innovación y Desarrollo Docente (CIDD) de esta Facultad, con el objetivo de concertar y coordinar las actividades de formación y desarrollo profesional docente, asesoría pedagógica, producción de conocimiento, certificación de competencias docentes y divulgación e intercambio de la práctica docente.
      

El 5 de octubre de 2006 fue autorizado en el pleno del Consejo Universitario el cambio de denominación de la Facultad de Pedagogía a Facultad de Pedagogía e Innovación Educativa, nombre que ostenta hasta este momento.

El 19 de septiembre de 2011, por acuerdo del Rector Dr. Felipe Cuamea Velázquez,  el Centro de Educación Abierta (CEA) es transferido a  la Facultad de Pedagogía e Innovación Educativa.

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